A műemlék épület az ország egyik legkorábbi nemzetségi monostortemploma. Története a 12. – 13. század fordulóján kezdődött, amikor – feltehetően egy Geur (Győr) nevű lovagtól származó – Pot ispán testvéreivel együtt a bencés szerzeteseknek birtokot adományozott és azon számukra monostort alapított. Erről tanúskodik az az 1208-ban kiadott oklevél, melyben II. András király az erre a célra felajánlott adományt jóváhagyta. A templomot akkor valószínűleg már (fel)építették, hiszen külső falába vésve egy 1206-os évszámot találtak.
Az apátságot még ugyanabban az évszázadban kétszer is: a tatárok, később pedig a cseh Ottokár király csapatai pusztították. A környék falvait 1529-ben a törökök égették fel, de Lébény esetleges megtámadásáról nem maradt fenn írásos emlék. Az 1541-et követő években a török betörések miatt a szerzetesek elhagyták itteni birtokaikat, Pannonhalmára költöztek, és a kolostor lakatlanná vált.
A romos apátságot 1631-ben a jezsuiták kapták meg, néhány éven belül az épületeket helyre is állították, ám a templomot 1683-ban a törökök ismét felégették, a tetőzet és az eredeti boltívek beszakadtak. Az újabb helyreállítás során a két toronyra sátortetőt építettek. A jezsuiták rendjük feloszlatása (1773) után elhagyták Lébényt, a kolostor másodszor is elnéptelenedett. A birtokok többségét a Zichy-család szerezte meg, ők a templomot a falunak adták át, így az 1830-ban Lébény plébániatemloma. Az újabb helyreállítás során a romos kolostorépületek nagy részét lebontották, egy kisebbik részt pedig meghagytak a plébániának. A templomépület azonban 1841-ben újra tűzvész áldozata lett, tornyait utóbb egyszerű, barokkos sisakokkal látták el.
Végül a templom mai formáját a 19. század második felében nyerte el. A belső helyreállítást 1862-1865, a külső felújítást 1872-1879 között August Ottmar Essenwein (1831-1892) német építész tervei szerint és irányításával végezték el (akit közben 1866-ban kineveztek a nürnbergi Germanisches Museum igazgatójának). Felújításakor a templom a korábbi barokk helyett új toronysisakot kapott, a tornyokat pedig egy szinttel megemelték. A helyreállítás után a lébényi templom lett az ország első restaurált műemléke. (forrás: Wikipédia)