Bélapátfalva mellett, a Bél-kő lábánál található Magyarország egyetlen épségben megmaradt román stílusú ciszterci apátsági temploma, melyet 1232-ben alapított a Bél nemzetségből származó II. Kilit (Cletus) egri püspök (1224-1245). Az apátság anyaapátsága a pilisi monostor volt.
II. Kilit gazdagon ellátta adományokkal a nemzetsége szállásbirtokán alapított monostort. A Bél nemzetség számos környékbeli birtokát, azok dézsmáit, a Tiszánál három halastavat és a birtok után az egri püspökséget és káptalant illető egyházi tizedeket adta az apátságnak.
Az alapítás után azonnal hozzáláttak az építkezéshez, ezt azonban a tatárjárás miatt 1241-ben félbe kellett hagyni. Ahogyan ez egy 1245. évi oklevélből kiderül, a monostor mellett is voltak harcok: 1241-ben a vesztes muhi csatából menekülő IV. Béla királyt itt érte be az üldöző tatár csapat, s a kialakuló összecsapásban – a király életét védve – megsebesült György fia Sándor mester.
A tatárjárásig felépült a monostor keleti szárnya, a templomnak viszont csak homlokzatfalai készültek el ebben az első periódusban. A félbemaradt építkezést egy másik építőműhely fejezte be, közvetlenül a tatárjárás után, mert az adatok szerint a monostorban 1246-ban már újra éltek szerzetesek.
Az apátságban kevés felszentelt pap élt, kitűnik ez egy 1388. évi oklevélből is. Béli Péter és az apátság közötti vitás ügyben a határjárás bizonyítására 16 felszentelt pap mondta el a föld- és határesküt, köztük a béli monostorból Konrád, Henrik és Móricz apát. Ebből arra következtethetünk, hogy rajtuk kívül más szerzetes nem élt a kolostorban, másképp aligha lett volna szükséges más monostorból hívni felszentelt papokat.
A XV. század végén országszerte komoly problémákkal küszködtek a ciszterci apátságok. Meglazult a fegyelem, az apáti székben sok helyen nem szerzetesek, hanem világi papok ültek, az apátságok birtokait elidegenítették. A bélháromkúti monostor apátja sem szerzetes volt, hanem 1479-1485 között Péter nógrádi főesperes, aki nem is lakott a monostorban.
1495-ben az apátság csere útján Bakócz Tamás kezébe került, aki ekkor egri püspök volt. Úgy tűnik, ez időtől kezdve az egri püspökök birtokában volt a monostor, amelyben a szerzetesek egy ideig még bent maradtak. 1503-ban a perjellel együtt három szerzetes és egy György nevű orgonakészítő élt az apátságban. 1508-ban öt szerzetes élt itt. A szerzetesek a török hódoltság idején hagyták el végleg az apátságot, melynek javait az egri káptalan kapta meg.
Az épületek egyre rosszabb állapotba kerültek, egy 1696-ban kelt leírás a templomnak már csak falairól beszél.
A templom helyreállítását 1732-ben kezdték meg, 1745-ben szentelte fel újra gróf Erdődy Gábor egri püspök.
